Blu und Jewel leben glücklich in Rio und haben inzwischen drei Kinder. Sie entschließen sich, auf der Suche nach ihren Vorfahren die Großstadt gegen die Wildnis des Amazonas zu tauschen. Wieder gerät Blu aus seiner vertrauten Umgebung in eine für ihn völlig neue Welt. Aber das ist längst nicht alles, denn Kakadu Nigel hat einen fiesen Racheplan ausgeheckt und Blu muss sich auf der Reise …